با عنوان : جداسازی ، شناسایی مولکولی و مطالعه خواص آنتی باکتریال پنی سیلیومهای خاکهای زراعی

در ادامه مطلب می توانید تکه هایی از ابتدای این پایان نامه را بخوانید

و در صورت نیاز به متن کامل آن می توانید از لینک پرداخت و دانلود آنی برای خرید این پایان نامه اقدام نمائید.

دانشگاه آزاداسلامی

واحد دامغان

عنوان کامل پایان نامه کارشناسی ارشد:

جداسازی ، شناسایی مولکولی و مطالعه خواص آنتی باکتریال پنی سیلیومهای خاکهای زراعی چند استان کشور

رشته :

بیماری شناسی گیاهی

مقطع :

کارشناسی ارشد

استاد راهنما:

جناب آقای دکتر محمد علی تاجیک قنبری

استاد مشاور:

جناب آقای دکتر مهدی پیرنیا

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی گردد

تکه هایی از متن به عنوان نمونه : (ممکن می باشد هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود اما در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل می باشد)

چکیده:

گونه های قارچ پنی سیلیوم به واسطه تولید آنتی بیوتیک پنی سیلین، مایکوتوکسین و آنزیم به ویژه پکتیناز و اسید فولیک در مصارف بیوتکنولوژیک متعدد مانند پزشکی، کشاورزی و صنایع غذایی و موارد دیگر کاربردهای گوناگونی دارد.

آنتی بیوتیک پنی سیلین تا کنون جان میلیون ها بشر را نجات داد. قارچ پنی سیلیوم با تعداد قریب 200 گونه یکی از بزرگترین قارچ های خاکزاد و هوازاد می باشد.

در این پژوهش استخراج قارچ ها از خاک های مورد مطالعه از روش سوسپانسیون انجام گردید. 1 میلی لیتر از سوسپانسیون نهایی به پتری های حاوی آگار، رزبنگال و استرپتومایسین اضافه گردید. پس از 7-5 روز کلنی های پنی سیلیوم شناسایی و به لوله های حاوی PDA منتقل گردید.

جدایه های باکتری ها روی محیط NA تهیه مایه تلقیح آنها با جدایه های پنی سیلیوم تلقیح شدند. شفافیت و کدورت نمونه ها با نمونه شاهد مورد مقایسه قرار گرفت.

یک قرص از توده میسلیومی از محیط کشت شفاف انتخاب و به محیط PDB جهت تهیه توده میسلیومی منتقل گردید. توده میسلیومی در هاون حاوی ازت پودر گردید، پودرها حاوی ویال‌های 5/1 میلی لیتری گردید 600 میکرو لیتر بافر CTAB و 1 میکرولیتر مرکاپتانول اضافه گردید. ویال ها وارد بن ماری شدند. با افزودن کلروفرم – ایزو آمیل الکل سانتریفوژ انجام شده رسوب DNA با اتانول 70 ٪ شستشو داده بافر TE اضافه گردید.

تعیین غلظت و خلوص نسبی به دو روش ژل آگارز 8/0٪ و نیز با بهره گیری از دستگاه اسپکتروفتومتر انجام گردید. DNA بدست آمده پس از ارزیابی جهت تکثیر نواحی ریبوزومی مورد استفاه قرار گرفت. محصول PCR جدایه ها، جهت تعیین توالی به شرکت BIONEER کره ارسال گردید.

شناسایی مولکولی جدایه ها در پایگاه اطلاعات NCBI با بهره گیری از Blast انجام وبر اساس توالی های معتبر موجود در بانک بر اساس بالاترین میزان شباهت به دست آمده می باشد.

در مطالعه مولکولی بیش از 50 جدایه از 80 جدایه، منجر به شناسایی گونه های ذیل گردید.

 

Penicillium aculeatum, P.aurantiogriseum, P.chrysogenum, P.citrinum,

P.commune, P.crustosum, P.griseofulvum, P.pinophilum, P.simplicissimum

در مطالعه های قابلیت های آنتی باکتریال جدایه ها، کلیه جدایه ها در تقابل با شش گونه باکتری بیماری زای گیاهی به گونه همزمان کشت داده شدند و بر اساس نتایج به دست آمده غالب جدایه ها فعالیت ضد باکتریایی داشته و از رشد باکتری ها ممانعت کردند.

فهرست مطالب

شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را در شماره بندی انتهای صفحه بخوانید              

عنوان                                                                                                                                                     صفحه

فصل اول

مقدمه ………………………………………………………………………………………………………. 6

فصل دوم: مطالعه منابع

2-1-محیط خاک ………………………………………………………………………………………………………………….. 9

2-2-بیواکولوژی Bioecology ………………………………………………………………………………………… 9

2-3-بخش زنده خاک ………………………………………………………………………………………………………….. 9

2-4-رده بندی وال ورک (Wallwork) ………………………………………………………………………….. 12

2-5-ماکروارگانیسم های خاک ……………………………………………………………………………………………. 12

2-6- میکروارگانیسم های خاک ………………………………………………………………………………………….. 13

2-7- شاخه نماتدها ……………………………………………………………………………………………………………… 14

2-8- فلور میکروبی خاک …………………………………………………………………………………………………….. 15

2-9- اکتینومیست های مهم و فراوان در خاک ………………………………………………………………… 18

2-10- جلبک ها (Algae) ………………………………………………………………………………………………… 18

2-11- تعامل میکروارگانیسم های خاک با یکدیگر …………………………………………………………… 19

2-12- کنترل بیولوژیک ………………………………………………………………………………………………………. 21

2-13- باکتری ها و خاک ……………………………………………………………………………………………………. 25

2-14- ارزیابی فعالیت آنتی باکتریال پنی سیلیوم ها ……………………………………………………….. 26

2-15- پنی سیلیوم ها …………………………………………………………………………………………………………. 28

2-16- فعالیت های بیولوژیک پنی سیلیوم ها …………………………………………………………………… 29

2-17- تنوع ژنتیکی …………………………………………………………………………………………………………….. 31

2-18- مطالعات مولکولی قارچها …………………………………………………………………………………………. 34

فصل سوم: مواد و روش ها

3-1-استخراج قارچ های خاک ……………………………………………………………………………………………. 41

3-2-جدایه های باکتریایی …………………………………………………………………………………………………… 42

3-3-ارزیابی تولید مواد بازدارنده رشد باکتریها ………………………………………………………………….. 42

3-4- استخراج DNA ………………………………………………………………………………………………………… 42

نتایج ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 48

نتایج شناسایی گونه ها …………………………………………………………………………………………………………. 59

بحث ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 68

Abstract ……………………………………………………………………………………………………………………………. 78

منابع و مآخذ …………………………………………………………………………………………………………………………. 79

 مقدمه

مطالعات بیولوژی خاک شامل باکتری ها، جانوران، آغازیان و قارچ ها خاک می باشد. از آنجا که مطالعه‌های مربوط به فعالیت های بیولوژیک خاک ها و بویژه خاک های زراعی با شناسائی موجودات هر یک از زیر مجموعه های زنده خاک شروع می گردد، تحقیقات مربوط به قارچ های خاک نیز نیازمند شناسائی فلور آنها می باشد. جنبه های مختلف فعالیت قارچ های خاک در حاصلخیزی خاک های زراعی تأثیر مستقیم و غیر مستقیم داشته و غالب آنها در شرایط آزمایشگاهی قابل پیگیری می‌باشند. از موارد قابل مطالعه در محیط آزمایشگاهی به توانائی جنس ها و گونه های مختلف میکرومیست ها در تجزیه مواد آلی بویژه سلولز و قابل بهره گیری ساختن عناصر غذائی ماکرو میکرو و آزادسازی آنها از منابع نامحلول موجود در خاک برای گیاه می توان تصریح نمود. از قارچ ها می توان جهت بهبود شرایط باروری خاک ها و رشد و نمو مناسب تر گیاهان در خاک های نامناسب و کم بازده کمک گرفت. بخشی از فلور قارچی خاک به عوامل بیماریزای پارازیت اختیاری و پارازیت اجباری تعلق دارد.

قارچ ها یکی از اجزاء زنده محیط خاک هستند. هر ساله مقادیر متنابهی از بقایای گیاهان زراعی به خاک های مزارع اضافه می شوند که در نتیجه دخالت میکروارگانیسم های خاکزی بویژه قارچ ها تجزیه شده و مواد آلی حاصل از آنها به خاک افزوده می گردد.

قارچ های خاک به گروه های تاکسونومیکی متفاوتی تعلق دارند که فراوانترین آنها اوومیکوتا، زیگومیکوتا دوترومیکوتا را می توان نام برد. مطالعات مربوط به بیولوژی خاک در بخش قارچ ها با شناسائی تاکسونومیک آغاز و امکان پذیر می گردد.

سابقه شناسایی تاکسونومیک قارچهابه زمان آغاز نامگذاری دو اسمی موجودات زنده از زمان لینه برمیگردد. از آن وقت تا به حال مطالعه مرفولوژیک قارچها تکامل زیادی یافته و با تکنیکهای جدید بویژه روشهای مولکولی تلفیق گردیده می باشد . تاجایی که امروزه با معرفی و تکمیل شناساگر های مولکولی و تعیین توالی قطعات مختلف ژنومی در حال تحول اساسی و کنار گذاشتن روشهای مرفولوژیک می باشد .

در این پژوهش کوشش شده تا یکی از فراوانترین قارچهای خاکزاد مورد مطالعه تاکسونومیک مولکولی قرارگرفته و از مجموع فعالیتهای بی شمار آن ها در محیط خاک ، در شرایط آزمایشگاهی یکی از مهمترین آنها مورد مطالعه قرارگیرد.

2-1 محیط خاک

خاک از مواد معدنی، ریشه گیاهان، موجودات زنده خرد و درشت، مواد آلی در مراحل مختلف تجزیه، آب و هوا تشکیل شده می باشد.

پراکنش غیر یکنواخت این اجزا، شرایط بسیار متنوعی را در مقیاس های مختلفی از حفره های کوچک تا سطح مزرعه ایجاد، و این امر، مطالعه خاک را با مشکل رو به رو می کند. طیف وسیعی از عوامل فیزیکی و شیمیایی که دارای اثر متقابل هستند در تنوع خاک سهیم اند.

شما می توانید مطالب مشابه این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید                     

2-2 بیواکولوژی Bioecology

مطالعه و شناخت موجودات و همچنین ارتباط ای که بین آن ها و محیط اطرافشان هست می‌باشد. در این علم مطالعه موجودات و ارتباط آن با محیطی که در آن بسر می برند قرار می گیرد.

1-2-2 بیو اکولوژی خاک

مطالعه موجودات زنده خاک، همچنین شرایط محیطی که این موجودات در آن زندگی می‌کنند و تعاملی که بین این موجودات و شرایط محیطی موجود در زیستگاه آنها حاکم می باشد مورد مطالعه قرار می گیرد.

2-3 بخش زنده خاک

موجودات زنده خاک به دو گروه تقسیم می شوند

-3-1 فلور که در لاتین (flora) نامیده می گردد شامل قارچ ها، باکتریها ، اکتینومیست ها ، جلبک ها ، ویروس ها ، و گیاهان می باشند.

2-3-2 فون که در لاتین به نام (Fauna) نامیده می گردد که به سه گروه بنام های ماکروفون، مزوفون و میکروفون تقسیم شده می باشد که شامل جانوران می باشد.

2-3-3 بر اساس درشتی و ابعاد‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍،‍‍‍‍ موجودات زنده را به دو گروه ماکرو ارگانیسم و میکروارگانیسم و میکروارگانیسم ها را به 5 سلسله از لحاظ رده بندی یا تاکسونومی بنام های مونرا (Monera) یا پروکاریوت ها، پروتیست ها (Protista) یا موجودات تک سلولی (آغازیان)، حیوانات (Animalia)، قارچ ها (Fungi) و گیاهان (Planta ) تقسیم کرده اند.

هر تغییری که در اکوسیستم خاک حادث گردد ممکن می باشد جمعیت موجودات زنده خاک اعم از فون و فلور را تحت تاثیر قرار دهد و نیز موجودات زنده خاک موجب تغییرات فیزیکی و شیمیایی خاک می گردد و به همین دلیل در دراز مدت خواص شیمیایی و فیزیکی خاک تحت تاثیر موجودات زنده داخل خاک تغییر می کند. این تغییر در روی موجودات زنده داخل خاک اثر گذاشته و جمعیت آنها به تعادل دینامیک می رسند.

2-3-4 انواع موجودات زنده خاک بر اساس اندازه

2-3-4-5 ماکرو ارگانیسم ها (Macro-organisms) با چشم غیر مسلح قابل نظاره هستند.

2-3-4-6 میکروارگانیسم ها (Micro-organisms) با چشم میکروسکوپ قابل نظاره هستند.

2-3-4-6 افراد هر یک از دو گروه، بر حسب منشاء گیاهی یا حیوانی که دارند به دو دسته متمایز تفکیک می شوند.

2-3-4-7 جانوران یا فون (Fauna)

2-3-4-8 گیاهان یا فلورا (Flora)

2-3-4-9 جانوران میکروسکوپی یا میکروفون (Micro fauna)

2-3-4-10 گیاهان میکروسکوپی یا میکروفلور (Micro flora)

2-3-4-11 جانوران ماکروسکوپی خاک

1-میکروفون: اندازه بدن این جانوران بطور متوسط کمتر از 2/0 میلی متر می باشد مانند پروتوزوئرها.

2-3-4-12 مزوفون (Mesofauna) یا میوفون (Meiofauna): شامل جانورانی با اندازه متوسط 2/0 تا 4 میلی متر می باشد. مانند پادمان و کنه ها، بی شاخکان و دم چنگالان

2-3-4-13 ماکروفون (Macro fauna): شامل جانورانی با اندازه متوسط 4 تا 80 میلی متر می باشد مانند کرم خاکی و انواع حشرات بالدار و هزارپایان و عنکبوتیان و نرم تنان

2-3-4-14مگافون (Mega fauna): شامل انواع جانوران کاملا درشت به اندازه متوسط 80 میلی متر تا 6/1 متر مانند بعضی خزندگان، بعضی موش ها و بعضی از خرچنگ ها .

2-4 رده بندی وال ورک (Wallwork): جانوران خاک را به سه گروه به اسامی میکروفون (انواعی به اندازه 20 تا 200 میکرون)، مزوفون (جانورانی به طول 200 میکرون تا 1 سانتی متر) و ماکروفون (شامل انواعی به طول بیش از 1 سانتی متر) تقسیم کرده می باشد[16].

2-5 ماکروارگانیسم های خاک

2-5-1 شاخه کرم های حلقوی یا آنیلیدا (Phylum Annelida): از رده الیگوکتا (Oligochaeta) تحت نام کرمهای خاکی و خانواده آنکی ترئیده (Enchytraeidae)

2-5-2 کرمهای خاکی اکثراً از خانواده لومبریسیدها (Lumbericidea) و بعضی از آنها از خانواده مگاسکولیده (Megascolecidae)

2-5-3- کرمهای حلقوی خانواده اَنکی تروییده (Enchytroieidae)

2-5-4- شاخه بندپایان (آرتروپدا) (Arthropeda)

اکثر بندپایان خاک، از سه رده عنکبوتیان، حشرات و هزارپایان و مقدار کمی جزو رده خرچنگ‌ها می باشند.

تعداد صفحه :91

قیمت : چهارده هزار و هفتصد تومان

***

—-

پشتیبانی سایت :        ———-        serderehi@gmail.com